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如果是独立核算，那么税金可以由分公司在注册地自行缴纳的，总公司不用重复缴它的税。分公司因为是独立核算，所以总公司编制的总公司自己的报表中是不反应分公司业务情况的，只是在编制整个公司的合并报表里把分公司包含进来，分公司的收入成本利润等情况只反应在总的合并报表里面。
独立核算是“非独立核算”的对称。对本单位的生产经营活动或预算执行过程及其结果进行全面的、系统的会计核算。凡具有一定数额的资金，可对外办理结算，独立编制计划，单独计算盈亏的企业，一般都实行独立核算。实行独立核算的单位称为“独立核算单位”。
独立核算单位通常单独设置会计机构，配备必要的会计人员，并具有完整的会计工作组织体系，包括所使用的会计科目，会计凭证和帐簿，应编制的会计报表以及进行分析和检查的方法与程序等。施工企业，一般以公司为独立核算单位;工区(处)厂、站或施工队等为内部独立核算单位。内部独立核算单位所属的施工队、车间等为内部核算单位。
独立核算的分公司如何缴纳增值税？
一、独立核算的分公司与非独立核算的分公司的区别：
1、独立核算分公司（即法人机构）和非独立核算的分公司（即非法人机构）在增值税征管上是一致的，都在其经营地就地缴纳增值税；
2、独立核算分公司企业所得税是单独核算缴纳的，非独立核算的分公司即是分支机构，企业所得税是汇总缴纳的。
二、增值税及所得税税申报
1、首先去银行开立一个扣税账户，然后去税所备案，以后就只需要在网上申报他会自动在银行扣款，所以你要保证那个扣税账号有足够的钱来扣款。
2、增值税是按月申报的（国税局），不管是否有无收入，都必须申报，申报期一般是每个月的15号前，如有法定假日会顺延。
3、企业所得税的话是实行季度预缴的，（因为你询问的是增值税，所以我想你的企业所得税应该也是在国税交）一般也是季度后的月份15号前。
